Ιδρύθηκε κατόπιν δωρεάς του εμπόρου ΝΙΚΗΤΑ ΤΖΑΝΝΗ ή ΤΖΑΝΝΕ από τα Κύθηρα, Δημότη Πειραιά.
Ο θεμέλιος λίθος ετέθη το 1864.
Λειτούργησε το 1873 ως Αδελφάτο και με το Ν. 1467/42 ως Ν.Π.Δ.Δ., ανεξάρτητο από το Ν.Π.Δ.Δ. του Δήμου Πειραιά.
Η μελέτη κατασκευής, η συγκρότηση και η λειτουργία του, έγινε με την φροντίδα του Πειραιώτη Καθηγητή της Φαρμακολογίας και Παθολογικής Ανατομικής του Πανεπιστημίου Αθηνών ΘΕΟΔΩΡΟΥ ΑΦΕΝΤΟΥΛΗ.
Το 1927 λειτούργησε νέα πτέρυγα ως Μαιευτήριο.
Το 1934 ανεγέρθη νέα πτέρυγα, που λειτούργησε ως Χειρουργικό Τμήμα, το ΣΑΛΙΠΟΥΛΕΙΟ, δωρεάς Δημητρίου Σαλιπούλα.
Με το Ν.Δ. 2592/53, άρθρο 8 (περί Οργάνωσης της Ιατρικής Αντίληψης), αποτελεί Ν.Π.Δ.Δ. υπό την επωνυμία ΤΖΑΝΕΙΟ- ΓΕΝΙΚΟ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟ ΠΕΙΡΑΙΑ (ΦΕΚ 254/53), που διέπεται από τις διατάξεις του Ν. Δ/τος όπως τροποποιήθηκαν και συμπληρώθηκαν μεταγενέστερα και από τις διατάξεις του Ν. 1397/83 Ε.Σ.Υ.
Το 1971 εγκαινιάσθηκε το νέο εξαόροφο σύγχρονο κτίριο, στη θέση του προηγούμενου Νοσοκομείου.